9й отдел - элитное спецподразделение по киберпреступлениям. Также используются для устранения преступников, которых невозможно осудить по закону. 9й отдел находится в прямом подчинении высших правительсвенных чиновников и стоит вне иерархии обычной полиции. Бойцы 9го отдела сражаются как в физической реальности, так и в виртуальной.

ДенКей - некая кибер-служба, ниже по рангу 9го отдела и обычной полиции.

Киборги - люди, проапгрейдженные кибер-устройствами. У Бато на глазах сложная оптическая система. Рука искусственная со встроенным оружием. Тело бронированное. У него есть призрак, т.е. человеческий биологический мозг с человеческими чувствами и душой (ghost имеет значение "призрак", "дух", "душа"). Какие-то из внутренних органов биологические, какие-то искуственные. Это не уточняется, но есть намек, что он менее механизирован, чем Майор Кусанаги из первого фильма "Призрак в доспехах", у которой биологическим был только мозг.

Кибермозг - компьютер, действующий по математическим алгоритмам, вычисляющий. В нем содержится программа Искуственного Интеллекта(ИИ). Он встраивается как устройство, расширяющее познавательные возможности биологического мозга.
Биологический мозг, содержимое которого называют Ghost (душа, дух, призрак) - черный ящик, действующий по непознанным алгоритмам интуиции.
Перед попаданием в обычный мозг данные обрабатываются кибермозгом. Между ними есть интерфейс обмена данными. Поэтому возможен взлом кибермозга и погружение его владельца в т.н. "лабиринт виртуального опыта" и манипулирование его действиями. Что проделывается с Бато в китайской лавке, что сам Бато проделывает в логове якудза. И что происходит с Тогуса и Бато во дворце Кима.
Возможностей кибермозга для повседневных дел более чем хватает. Поэтому ресурсами биологического мозга редко пользуются.
Но в особых случаях интуиция выручает и Майора и Бато. Шепот призрака - шепот человеческой интуиции, человеческого духа в мире машинной логики.

"Гиноид" - термин предложенный феминистически настроенной писательницей Гвинет Джонс для робота-женщины, поскольку "андроид", лингвистически, существо мужского рода.

Майор Кусанаги - бывшая напарница Бато по службе в 9м отделе. Ее история рассказана в первой части "Призрака в Доспехе".

Мисс Харавей - судебный эксперт, названа по имени филолога-феминистки и теоретика киборг-психологии Донны ХАРАВЕЙ ("Манифест Киборга: Общество, технология и социал-феминизм в конце 20 века"). Осии Мамору говорит: "Я действительно читал некоторые из ее работ и они показались мне очень интересными. Но я рисовал характер не с нее. Дизайн этого персонажа основан на образе профессора колледжа из Италии, которая показывала мне окрестности, когда мы подбирали место для съемок."

Угроза судебного эксперта, когда она сидит спиной к Бато и Тогусе, видимо, направлена приходившим ранее представителям Локус Солус, предлагавшим взятку.

Диалог о игре девочек с куклами:
"Кукла девочки не замена настоящего ребенка, но она и не для практики в воспитании младенца. Дело, определенно, не в этом".
"Я хочу сказать, воспитание детей - быстрый метод воплотить древнюю мечту - создать андроида, подобное себе существо."
Осии Мамору:
"У детей особые чувства к куклам - если они достаточно сильно любят куклу, они чувствуют, что она живая. Это чувство универсально. Этому их не учат - они просто чувствуют это каким-то образом. И это не связано с какой-либо религиозной верой."
Возможное объяснение может быть примерно таким: девочки играют с куклами как с живыми существами, а не воспитывают их. Хотя внешне это похоже на воспитание.
Взрослые воспитывая детей, относятся к ним как к куклам, т.к. суть воспитания - бессознательная попытка реализовать древнюю мечту - создать искуственного человека (андроида, куклу, свое нарцисическое подобие).
Тогда становится понятным "Дети - не куклы!" Тогусы.

Когда сообщают об убийстве главного инспектора Локус Солус, Бато цитирует хайку Соноро Накамуры:

весенний денек.
повозка туда и обратно
из нашего мира в загробный.

Подразумевается катафалк, непрерывно курсирующий с кладбища и обратно.

Ким - в прошлом военный хакер-разведчик. Бывший сослуживец Бато по армии. Перевел знания из своего биологического мозга в машинные алгоритмы Искуственного Интеллекта с существенными потерями и уничтожил биологический мозг. Бато презирает его, считая, что в обмен на мнимое бессмертие, он убил свой призрак, человеческий дух, став мертвой куклой.

Матэбор (Матеба) - револьвер Тогусы, который он упорно отказывается менять на автоматическое оружие, о чем ему постоянно намекают, начиная с первой части "Призрака в доспехах" Майор Кусанаги и Бато. Поскольку он упорствует, время от времени коллеги подшучивают над "замечательным Матебором" Тогусы.

Макс Вебер(1864-1920) - немецкий философ и культуролог. В своих работах анализировал связи экономики и политики с культурой и религией.

Ричард Доукинс (Richard Dawkins) - самый цитируемый в литературе биолог-популяризатор.
Наиболее известна его книга "Эгоистичный Ген", цитату из которой приводит Бато.
Вот ее расширенное объяснение: "Мое выражение используется для объяснения того, что
индивидуальный организм живого существа не является сам по себе самодостаточным.
Самодостаточность организма заключается в самодостаточности генов этого организма.
Эти гены, которые прошли через множество поколений, работают в узких интересах
своего собственного выживания. Мир полон этих самодостаточных генов, которые
преследуют свои собственные "эгоистические" интересы, - интересы выживания
и в конечном итоге воспроизводства самих себя".
Подробней про метафоры бобровой плотины и паутины можно посмотреть в этой главе книги "Эгоистичный Ген":
http://www.bookap.by.ru/okolopsy/gen/gl16.shtm

Тогуса ссылается на Псалом 139 Ветхого Завета, но цитирует выборочно.
Полная версия псалма:
"Как возвышенны для меня помышления Твои, Боже, и как велико число их!
Стану ли исчислять, но они многочисленнее песка."
Тогуса приводит только: "как велико число их! Стану ли исчислять, но они многочисленнее песка."

Осии Мамору часто цитирует в своих фильмах Ветхий и Новый Завет. В молодости он оставил протестантскую духовную семинарию по причинам, о которых отказывается говорить.
Энциклопедия (http://www.karr.net/encyclopedia/Innocence:_Ghost_in_the_Shell) утверждает, что название фильма основано на цитате из протестантского деятеля Томаса Гриффина (Griffith Thomas). Это комментарий на послание Апостола Павла Филиппийской церкви: "Иисус научился смирению чувств, повиновению воле Отца Своего, будучи человеком. Для Иисуса, волей Бога было подвергнуться страданию на кресте." (Фил. 2:6-8).
Повиновением Богу и смирением перед Ним он дал человечеству возможность вернуться в невинное состояние Адама и Евы до грехопадения. Они были изгнаны из рая за неповиновение, за самопознание (эгоизм) в ущерб богопознанию (невинности).
Томас Гриффин: "Существует различие между невинностью и добродетелью. Невинность - есть Иисус до того, как он стал человеком - жизнь неиспытанная, в то время как добродетель есть невинность испытанная и торжествующая."
Невинность понимается в изначальном значении чистоты от греха, невиновности, безгрешности, которой обладали Адам и Ева до того, как вкусили плод познания.
"Когда человек утратил невинность, родилось его сознание." (Томас Гриффин "Книга Начала").
"Потерянный Рай" Джона Мильтона: "И изгнали из человеческой жизни его Счастье, Простоту и чистую Невинность!"
Цитата из формума GoFish:
"Думаю "Невинность" - фильм о том, что мы видим на постере фильма - о собаках и куклах. Слоган фильма "Невинность - то, чем является сама жизнь." ("Innocence. That's what life is.").
Собаки и куклы - невинны, потому что они не отягощены познанием, они не занимаются сознательным самоанализом, они не имеют эго. Кто-то говорил, что цитата Майора Кусанаги в конце фильма по поводу того, что люди не видят порока смотрясь в зеркало самих себя (самоанализа), это о том, что люди теряют невинность, отдавшись одержимости самими собой, своей важностью, своими целями."

Тогуса над Локус Солус также цитирует "Потерянный Рай" Мильтона:

"Но, боль превозмогая, достиг он Пучины серной,
С края ее возопил он к бойцам, недвижно лежащим,
Как листва устилает пластами лесные ручьи Валамброза,
Текущие мирно под сенью мрачных дубрав Этрурийских."

Поэма излагает библейские события. Грехопадение Адама и Евы. Борьба Бога с восстанием Сатаны.
Среди действующих лиц, Бог-отец, Бог-сын, Сатана, Адам, Ева, ангелы небес и ангелы ада.

Перси Шелли(1792-1822) - английский поэт. Ким ссылается на стих, посвященный соловью:

Дух радостный ! Привет!
О, нет! - не птица ты!
Отрады чистый свет
С небесной высоты
Из сердца льет на нас
В закатный вешний час.

Все выше выше твой
Стремительный полет,
Ты огненной стрелой
Пронзаешь синь высот,
И песнь твоя светла -
Как светел взмах крыла.

В закате золотом
В просторах высоты
Над облачным огнем
Бесплотным духом ты
Скользишь вперед, назад, -
Источник всех отрад.

Франсуа де Ларошфуко(1613-1680) - писатель-моралист.
Ким цитирует это высказывание: "Немногим дано постичь, что такое смерть. В большинстве случаев на нее идут не по обдуманному намерению, а по глупости и по заведенному обычаю, и люди чаще всего умирают потому, что не могут воспротивиться смерти".

Жульен де Ла Меттри (1709-1751) - французский физик, философ эпохи просвещения. Автор одной из механистических теорий психики человека.

Цитата из Платона "God... ever... geometrizes..." буквально переводится (и переведена в академических изданиях) как: "Бог геометризует". В других русских переводах она звучит: "Бог действует геометрически" или "Бог - это геометр".
В фильме Бато цитирует, а скорей даже Тогусе представляется в лабиринте виртуального восприятия, что Бато использует цитату Платона. Вырванная из контекста конкретной работы она мало о чем может сказать. Описание контекста, несколько проясняет, почему переведено "Вечный Бог... - это геометрия". (Источник http://www.hi-edu.ru/x-books-free/xbook131/01/index.html?part-004.htm):
"Исторически в развитии древнегреческого естествознания можно выделить три научных программы: одна идеалистическая - Платона и две материалистических - Аристотеля и Демокрита. Первую (Платона) научную программу можно также назвать и математической, и в смысле понимания роли количественных вычислений в научном изучении мира она во многом определила путь развития естествознания. В ее основе лежит идея Пифагора, что <числа - суть вещей>. Платон, в свою очередь, утверждал, что <Бог - это геометр>. ... Математическим построениям и численным абстракциям программы Пифагора - Платона отводилась почти мистическая роль, проявляющаяся до настоящего времени в религиозных канонах, астрологии и магии, а в науке - в некоторых <таинственных> математических числах: 3,1415926; 1/137; 1,618034 и т.д., смысл которых (почему они именно такие) так до сих пор и не ясен.
Известно также, что Эйнштейн до самой смерти пытался обосновать идею, что не только гравитацию, но и всю физическую Вселенную можно целиком описать на основе одной лишь геометрии. И это идет еще от понимания природы древними греками. Платон говорил: <Бог - это геометр>."
Т.е. поскольку сотворенное Богом - геометрично, а Бог познается через творения, "Вечный Бог - это геометрия". Цитата используется в фильме в таком негативном контексте механистического материализма.

Цитата Будды из "Дхаммапады".
Русский перевод с пали слегка косноязычен: "Ты, имеющий мало желаний, иди один и не делай зла, как слон в слоновом лесу..."
поэтому взят английский источник в официальном востоковедческом переводе: "Walk alone and do no evil, having but a few wishes - like the elephant in the Jungle." - "Отрешенно, не делая зла, беззаботно живи, словно слон, бредущий сквозь джунгли".

Голем - монстр из глины, в которого каббалист (Каббала - древнееврейское мистическое учение) может вдохнуть некое подобие жизни и использовать для поручений. Более подробно можно почитать здесь http://kultura.prag.ru/litera03.htm. В фильме ссылка на одну из сказок братьев Гримм.
Также широко известен роман "Голем" Густава Майринка.

Многие образы перекликаются с образами романа Уильяма Гибсона "Нейромантик".

В интервью Осии говорит, что действие фильма происходит в абстрактной азиатской стране. Например, прилетев на Эторофу, Бато и Тогуса становятся свидетелями китайского парада (маскарада). Книга "Кукла", в которой Бато находит фотографию девочки, написана корейскими иероглифами. Фанаты узнают в городе, где происходит действие, отдельные фрагменты Гонконга, корейских и японских городов. В то же время большинство надписей и язык персонажей японский.
Иероглиф на аппарате наблюдателя 202 в начале фильма - китайский иероглиф "следить", "смотреть". На двери лавки, где нападают на Бато, перевернутый китайский иероглиф "Счастье" (характерная особенность всех китайских лавочек). Надписи и переговоры службы безопасности на плавучем заводе Локус Солус - на кантонском диалекте китайского языка.

Особая экономическая зона Эторофу - остров Итуруп, в настоящий момент принадлежащий России. Входит в состав спорных территорий, на которые претендует Япония. В фильме предполагается, что Япония все-таки получит его. Хотя и в виде гнезда коррупции и преступности.

Интересно, что фильм продвигается в Японии силами еще одного гениального режиссера. Хаяо Миядзаки и студия Гибли - сопродюсеры "Innocence".